本生态学一级学科硕士点，旨在培养德智体美全面发展且具有本学科领域系统的专业知识，具有较强学术创新能力，能独立从事生态学科学研究和专门技术工作的高级人才。本学科毕业生具有扎实专业基础理论和前沿知识，具备较强的科学思维、实验和数据处理分析能力，能熟练地进行外文阅读与写作，具有严谨求实的科学态度和团队协作精神，能够胜任科研单位、高等院校和相关行业的研究工作和管理工作。
本学科围绕区域生物资源保护与利用和生态环境保护两个主题，在三峡区域生态环境保护与管理、鄂西南热点地区生物多样性保护、植物资源的开发与利用以及工程扰动区生态恢复等方面大力攻关，在队伍建设、科学研究和人才培养上取得了突出成绩，于2006年11月被评为湖北省重点学科，2010被评为湖北省重点学科中的特色学科。在2012全国78个拥有生态学学科高效的评估中，在全国具有硕士授权的高校中居于前列。本学科拥有三峡库区生态环境教育部工程研究中心、湖北省三峡地区生态保护与治理国际联合研究中心、三峡大学生物教学实验省级示范中心、湖北省正江环保科技有限公司研究生工作站、湖北省神农架自然保护区研究生工作站地等5个省部级科研教学平台，并与中科院神农架生物多样性永久观测站、大老岭国家森林公园等企事业共建产学研基地15个。
本学科拥有一支融高校教师和企事业单位高级专家为一体的素质较高、结构合理、团结协作的师资队伍。其中教授10人，副教授16人，享受国务院政府特殊津贴专家1人，省政府专项津贴获得者1人，省有突出贡献的中青年专家1人、省新世纪第二层次人才1人。近5年团队承担了大量的国家、省部级以及地方科研项目，科研经费达4000余万元，获得省部级奖励2项。毕业生或赴国内外高校攻读博士，或在林业环保部门进行管理工作以及在企事业单位从事科研工作，毕业生质量获得了社会的高度认同。
本学科的研究方向包括：
1. 保护生态学：研究生物多样性的起源、分布格局与维持机制，人为干扰下生物多样性的内在变化机制与规律，珍稀濒危物种的濒危机理与保护机制等。
2. 环境生态学：研究人类干扰对生态系统的影响以及生态系统的响应机制，污染物在生态系统内的转移与生态控制原理与技术，生态环境分析与评价，生态环境建设的规划等
3. 恢复生态学：研究受损生态系统的退化过程与影响机制，先锋物种的生态学特性与筛选，先锋群落的构建与调控等退化生态系统生态恢复的原理与技术。
