生物工程专业硕士点旨培养具有扎实的生物工程理论基础、素质全面、工程实践能力和创新能力强的应用型高层次工程技术人才；学生毕业后具备获取知识、应用知识和组织协调等基本能力，能有效组织与本领域相关项目的策划与实施，并能解决实施过程中遇到的各种工程技术问题，适应我国生物产业建设对高层次应用型人才的需要。
本学科涉及我国医药、工业、农业、林业和环保等多个领域。主要面向武汉国家生物产业基地（宜昌分园）的核心企业如安琪酵母股份有限公司、人福药业、三峡药业、宜都东阳光等开展高端人才培养。重点开展（1）生物制造：重点开展酵母、特种酶制剂、氨基酸、硫酸新霉素和红霉素类抗生素等生产领域的人才培养；（2）生物农（林）业：重点开展三峡地区巴东木莲、红花玉兰等珍稀植物和蘑菇、核桃、油茶特色农产品等生产领域的人才培养；（3）生物环保：重点开展三峡地区生态环境保护领域的人才培养；（4）生物资源保护与利用：重点开展三峡地区茶叶、魔芋、柑橘、海棠、葛根等特色生物资源领域的人才培养。
本学科2009年被湖北省评为省级品牌专业，2013年进入教育部卓越工程师计划。拥有国家级实践教育教学工程中心、湖北省生物酵素工程技术研究中心、湖北省三峡特色植物繁育工程技术研究中心、湖北省农田环境监测工程技术研究中心、湖北省食品胶体工程技术研究中心、湖北省校企共建有机缓释肥校企研发中心、湖北省校企共建柑橘生物保鲜与防治研发中心、天然产物研究与利用湖北省重点实验室、湖北省Alan再生能源研究生创新基地等9个省部级科研教学平台；还拥有三峡大学生物质研究所、艾伦麦克德尔米德再生能源研究所、食品生物技术研究所等3个校级研究平台；与安琪酵母股份有限公司、宜都东阳光集团、人福药业、三峡药业等企事业共建产学研基地25个。
通过培养和引进，形成了一支可有效实施高校和企业双导师开展研究生培养的结构合理、团结协作的稳定教师队伍38人。其中教授9人，副教授15人，享受国务院政府特殊津贴专家1人，省政府专项津贴获得者1人，省有突出贡献的中青年专家1人、省新世纪第二层次人才1人。
主要研究方向：
1、微生物育种与发酵工艺
重点开展微生物菌种选育、生物发酵工艺优化、生物反应工程、发酵调控等研究。
2、植物组织培养
重点开展三峡特色植物的细胞生物学以及分子生物学的相关研究，开发植物组织培养的快速繁育方法，致力于特色植物的新品种选育和离体培养研究。
3、药物分子设计及蛋白质分子改造
重点开展新型药物小分子设计和蛋白质分子模拟研究，发掘新型的药物分子及底物谱，揭示分子设计与分子改造规律。
4、环境生物技术
重点开展生态恢复、环境分析与治理等方面研究。
5、农业资源生物技术
重点开展特色农业生物资源的高效种植与绿色加工工艺的研究。
