药学硕士点主要依托天然产物研究与利用湖北省重点实验室（三峡大学），以培养品学兼优，具有创新精神,能独立从事科学研究、教学或药理学专业技术工作的药学高级人才为目标。下设四个主要研究方向。
1、新型天然产物活性先导化合物的研究。以天然药物化学、现代生物工程理论和技术为基础和手段，对包括植物内生菌生物在内的天然产物进行提取、分离、结构鉴定，探讨其生物活性。建立天然来源活性成分的检测和质量控制方法。
2、天然产物结构的化学修饰和生物转化。以发现高效低毒的创新药物为研究目标，以天然活性化合物为先导化合物，采用化学手段和生物催化剂对活性化合物进行结构修饰和生物转化。
3、天然产物的活性评价。利用现代药理学、分子生物学、化学生物学等技术手段，检测天然产物的活性，探讨天然活性产物与蛋白质、酶和受体等生物大分子间的相互作用和体内代谢，探索天然来源活性成分的作用机机制和生物学意义，研究并开发天然来源活性成分在生物医药尤其是在新药发现领域的应用。开发功能性食品，保健品及新药。
4、天然产物与生物大分子间的相互作用。利用计算机辅助药物设计和现代生物技术，探讨天然活性产物与蛋白质、酶和受体等生物大分子间的相互作用和体内代谢，探明天然来源活性成分的作用机机制和生物学意义。
